2019年3月15日,北京大学深圳研究生院同意吴云东辞去院长职务。在北京大学深圳研究生院期间,吴云东院士课题组在J.Phys.Chem.Lett.(《物理化学通讯》)上发表了论文:使用残基特异性力场进行环状多肽的准确结构预测及构象分析(Accurate Structure Prediction and Conformational Analysis of CyclicPeptides with Residue-Specific Force Fields)。该项成果可以准确地预测出20个环肽中的17个,为环状多肽在药物设计中作为蛋白分子的替代物提供了理论上的支持。