1998年,吴尊友获中国预防医学科学院抗洪救灾防病先进个人、青年科技人员鼓励奖、中国博士后科学基金会“国氏”博士后奖;1999年获卫生部、公安部、教育部、广电总局全国预防与控制艾滋病性病先进个人;2002年获共青团北京市委、北京市青年联合会第五届北京十大杰出青年提名奖;2003年获中国疾病预防控制中心防治非典“先进个人”、中华预防医学会防治“非典”先进科技工作者、全国防治非典型肺炎指挥部防治组全国非典防治先进个人、中组部、人事部、中宣部、教育部、统战部、科技部留学回国人员成就奖;2004年获国家中央机关工会联合会“五一”劳动奖章、中国民主促进会北京市委员会参政议政先进个人、卫生部2003-2004年度卫生部有突出贡献中青年专家;2005年获IHRA(国际减少毒品危害学会) International RollestonAward,享受国务院政府特殊津贴。2005年获人事部表彰全国优秀博士后。2006年荣登美国加州大学洛杉矶分校公共卫生学院“名人堂”榜单。人事部“2006年新世纪百千万人才工程国家级人选”、“2003-2004年度卫生部有突出贡献中青年专家”、“五一劳动奖章”、“留学回国人员成就奖”、“全国非典防治先进个人”、“全国预防与控制艾滋病性病先进个人”等